Theo tờ trình của UBND TP trước đó, dự án Khu công nghệ cao (quận 9) được phê duyệt năm 2009 với tổng mức đầu tư 3.803 tỷ đồng. Đến hết năm 2018 dự án đã giải ngân được 3.782 tỷ (đạt 99,4%).
Tuy nhiên quá trình thực hiện đã có nhiều người dân bị thu hồi đất tiến hành khiếu nại, tố cáo. Vào tháng 3/2017, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo thành phố rà soát lại một số trường hợp (49 hộ) bị thu hồi đất, và nghiên cứu biện pháp giải quyết nhằm đảm bảo hài hòa quyền và lợi ích hợp pháp của người dân.
Theo ý kiến kết luận của Phó Thủ tướng Trương Hòa Bình thì khu vực 40.9ha nằm trong ranh quy hoạch của dự án, do đó không xem xét giao lại cho các hộ dân bị thu hồi đất mà xem xét bồi thường, hỗ trợ tái định cư. Thời điểm hỗ trợ tính từ tháng 4/2007 (thời điểm Thủ tướng ban hành quyết định).
Sau khi tính toán, thành phố dự kiến phát sinh thêm kinh phí bồi thường, hỗ trợ tái định cư của dự án khoảng 1.471 tỷ đồng. Trong đó kinh phí bồi thường, hỗ trợ tái định cư là 1.399 tỷ, các chi phí quản lý, thẩm định dự án… là 72 tỷ.
Dự án Khu công nghệ cao được lập năm 2002 có quy mô 913ha, ảnh hưởng đến hơn 3.100 hộ dân. Từ năm 2002 quận 9 đã tổ chức bồi thường và tái định cư, nhưng đến nay một số hộ dân vẫn khẳng định rằng đất của họ nằm ngoài ranh quy hoạch.
Sự việc tại đây được thành phố xếp vào 1 trong 12 “điểm nóng” khiếu kiện, tố cáo đông người ở thành phố. Hơn 10 năm qua hàng chục người dân từng sinh sống tại các khu đất bị thu hồi liên tục khiếu kiện gay gắt.